1. Dewan Riset Nasional yang dibentuk pada 2005 dialihkan ke Kementerian Riset dan Teknologi/Badan Riset dan Inovasi Nasional.
Dewan Riset Nasional (DRN) pada awalnya bernama Tim Perumus Program Program Utama Nasional Riset dan Teknologi (TIM PEPUNAS RISTEK), yang dibentuk berdasarkan Surat Keputusan Menteri Negara Riset dan Teknologi Nomor 002/M/Kp/I/1981 pada tanggal 27 Januari 1981. Gagasan awal pembentukan tim ini bermula dari kebutuhan untuk membina dan mengembangkan ilmu pengetahuan dan teknologi secara lebih terarah dan terpadu sehingga hasilnya dapat dimanfaatkan sebesar-besarnya bagi kepentingan pembangunan nasional.
2. Dewan Ketahanan Pangan yang dibentuk pada 2006 dialihkan ke Kementerian Pertanian.
Dewan Ketahanan Pangan adalah Lembaga Nonstruktural yang bertugas membantu Presiden dalam merumuskan kebijakan dalam rangka mewujudkan ketahanan pangan nasional serta melaksanakan evaluasi dan pengendalian dalam rangka mewujudkan ketahanan pangan nasional. Tugas Dewan Ketahanan Pangan terbut meliputi kegiatan di bidang penyediaan pangan, distribusi pangan, cadangan pangan, penganekaragaman pangan, pencegahan dan penanggulangan masalah pangan dan gizi.
3. Badan Pengembangan Wilayah Surabaya-Madura yang dibentuk pada 2008 dialihkan ke Kementerian Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat dan Kementerian Perhubungan sesuai dengan tugas dan fungsinya masing-masing.
Badan Pengembangan Wilayah Surabaya – Madura (disingkat BPWS) adalah Lembaga nonstruktural yang dibentuk untuk melaksanakan pengembangan wilayah Surabaya – Madura (Suramadu). BPWS berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Presiden. BPWS berkedudukan di Surabaya.
Pembangunan Jembatan Tol Suramadu diharapkan akan mendorong percepatan pengembangan sosial ekonomi dan tata ruang wilayah-wilayah tertinggal yang ada di Pulau Madura. Sebagai tindak lanjut dari upaya tersebut di atas, maka Pemerintah menerbitkan Peraturan Presiden Nomor 27 Tahun 2008 tentang Pembentukan Badan Pengembangan Wilayah Surabaya-Madura (BPWS).
